พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีสายพระเนตรยาวไกลทรงเห็นความสำคัญของการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช ในปี พ.ศ. 2503 ทรงอนุรักษ์ต้นยางนา ในปี พ.ศ. 2504 ทรงให้นำพรรณไม้จากภูมิภาคต่างๆ มาปลูกไว้ในสวนจิตรลดาเพื่อเป็นแหล่งศึกษา และทรงมีโครงการพระราชดำริที่เกี่ยวกับการอนุรักษ์พัฒนาทรัพยากร พัฒนาแหล่งนํ้า การอนุรักษ์และพัฒนาดินอนุรักษ์ทรัพยากรป่าไม้เป็นการอนุรักษ์และพัฒนาทรัพยากรธรรมชาติ
ต่อมาในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2535 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้ทรงสืบทอดพระปณิธานต่อ โดยมีพระราชดำริกับนายแก้วขวัญ วัชโรทัย เลขาธิการพระราชวังและผู้อำนวยการโครงการส่วนพระองค์ฯ สวนจิตรลดา ให้ดำเนินการอนุรักษ์พืชพรรณของประเทศ โดยพระราชทานให้โครงการส่วนพระองค์ฯ สวนจิตรลดา โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ (อพ.สธ.) ได้เริ่มดำเนินการ โดยฝ่ายวิชาการ สำนักพระราชวัง เป็นผู้ดำเนินการ สำหรับงบประมาณดำเนินงานนั้น สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (กปร.) ได้สนับสนุนให้กับโครงการส่วนพระองค์สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ในงานโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ โดยจัดสร้างธนาคารพืชพรรณขึ้นในปี พ.ศ. 2536 สำหรับการเก็บรักษาพันธุกรรมพืชที่เป็นเมล็ดและเนื้อเยื่อ และสนับสนุนงบประมาณดำเนินงานทุกกิจกรรมตามกรอบของแผนแม่บทของ อพ.สธ. จนกระทั่งปี พ.ศ. 2551 อพ.สธ. จึงได้รับงบประมาณจากสำนักพระราชวังเพื่อดำเนินงานในกิจกรรมต่างๆ ของ อพ.สธ. ตามกรอบแผนแม่บทระยะ 5 ปีที่สี่ (ตุลาคม พ.ศ. 2549 – กันยายน พ.ศ. 2554) ในฐานะหน่วยงานหนึ่งของสำนักพระราชวัง และให้ อพ.สธ. ดำเนินการแยกจากโครงการส่วนพระองค์ฯ สวนจิตรลดา
มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี (มจธ.) ได้รับพระราชทานพระอนุญาตให้เข้าร่วมโครงการ อพ.สธ. โดยเป็นหนึ่งในหน่วยงานร่วมสนองพระราชดำริฯ (G5 - กลุ่มมหาวิทยาลัยที่ร่วมสนองพระราชดำริ) ในปี พ.ศ. 2555 ภายใต้กรอบแผนแม่บทระยะ 5 ปีที่ห้า (ตุลาคม 2554 – กันยายน 2559) ซึ่ง มจธ. ได้รับความร่วมมือจากหน่วยงานต่างๆ ในมหาวิทยาลัยเป็นอย่างดี ทั้งนี้ มจธ. ได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการดำเนินงานโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ เพื่อสนับสนุนโครงการฯ ให้เป็นไปด้วยความเรียบร้อยและมีประสิทธิภาพ
(ร่าง) แผนแม่บท โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ระยะ 5 ปีที่หก (1 ตุลาคม 2559 - 30 กันยายน 2564) - อ่านเพิ่มเติม
แผนแม่บท โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ระยะ 5 ปีที่ห้า (1 ตุลาคม 2554 - 30 กันยายน 2559) - อ่านเพิ่มเติม
ขั้นตอนการขอรับการพิจารณาและสนับสนุนงบประมาณจาก อพ.สธ.
รายงานผลการดำเนินงาน